Linuxille on tarjolla useita erilaisia sovelluskauppoja, ohjelmistolähteitä sekä internetsivuja, joilta uusia sovelluksia voi etsiä ja asentaa. Turvallisin tapa on kuitenkin käyttää sovellusten asentamiseen aina oman jakeluversion paketinhallintaa. Tämä mahdollistaa keskitetyt päivitykset.