Linuxiin perustuvien käyttöjärjestelmien keskiössä ovat paketit. Erilaiset paketit muodostavat keskenään riippuvuuksia: sovellus ei toimi, mikäli kaikkia sen vaatimia riippuvuuksia ei kyetä täyttämään.

Seurauksena on helposti sekamelska, mikä ei palvele ainakaan käyttäjää. Flatpak- ja Ubuntusta tuttu snap-paketointitapa yrittävät korjata kyseisen ongelman. Niiden avulla kehittäjät voivat tarjota sovelluksiaan käyttäjille yhtenä sievänä pakettina, joka sisältää niin binääritiedostot kuin sovelluksen tarvitsemat kirjastot.

Flatkill-sivusto kuitenkin varoittaa, että flatpak on ”tietoturvapainajainen”. Monia sovelluksia ei hiekkalaatikoida ja eristetä muusta järjestelmästä. Useilla flatpak-sovelluksilla on myös lupa kirjoittaa tiedostojärjestelmään. Lisäksi päivitystahtia pidetään usein hitaana. Vakavatkin haavoittuvuudet jäävät korjaamatta tai päivitykset tulevat sitten joskus.

OMGUbuntu huomauttaa, että flatpak tarjoaa kyllä tarvittavat tietoturvaominaisuudet, mutta paketointitapaa käyttävät kehittäjät ovat laiskoja niitä hyödyntämään.

Flatpak- ja snap-paketit tarjoavat käyttäjälle valinnanvapautta. Esimerkiksi pitkäaikaisesti tuetun Ubuntu-version käyttäjä on tähän asti jäänyt paitsi uusista sovellusversioista, ellei tämä ole ollut valmis lisäämään käsin uusia ohjelmistolähteitä.

Uusia sovellusversioita käyttääkseen on usein täytynyt turvautua jatkuvasti päivittyvän Linux-jakelun, kuten Arch Linuxin käyttöön. Tällaisissa tapauksissa taas toisinaan hintana on käyttöjärjestelmän vakaus. Uusi päivitys saattaa helposti rikkoa jotain, ja asia täytyy ratkaista omin avuin.

Flatpak- ja snap-paketit ratkaisevat ongelman. Niiden avulla käyttöön on saatu tuoreita ohjelmistoversioita esimerkiksi suositusta GIMP-kuvankäsittely- ja LibreOffice-toimistosovelluksista.